Después formó el Laboratorio de Arquitectura en la ETSAB junto con Nicanor García (1999-2007), para pasar posteriormente a trabajar en solitario, compaginando la labor arquitectónica con la docente.

Pasión por los sentidos (2003), El proyecto como (re)construcción (2005), Teoría del proyecto (2006), El formalismo esencial de la arquitectura moderna (2008), Arquitectura de la ciudad moderna (2010) y Skidmore, Owings & Merril (2012).

[6]​ Sus obras en estos años se caracterizan por el minimalismo, el rigor compositivo, la utilización de pocos materiales y de las geometrías oblicuas y quebradas, que los acercan al deconstructivismo.

[18]​ También intervinieron en la remodelación del puerto viejo (Port Vell) de Barcelona, con la creación del centro comercial Maremagnum (con Jordi Mir y Rafael Coll), y del puente pivotante de la Rambla de Mar.

[21]​ Tras su ruptura con Viaplana, Helio Piñón renegó de toda su obra anterior,[22]​ y fundó junto a Nicanor García el Laboratorio de Arquitectura en la ETSAB (1999-2007); desde entonces ha trabajado en solitario.