Nacido en Calw, Schnaufer creció en la República de Weimar y la Alemania nazi.

A medida que avanzaba la guerra, acumuló más victorias y más tarde se convirtió en líder de escuadrón y comandante de grupo.

En junio de ese año derribó su primer avión sobre Lovaina, Bélgica, un bombardero Handley Page Halifax; no obstante, fue herido en una pierna al intentar atacar un segundo bombardero.

En 1943, incrementó rápidamente su cuenta a cuarenta y dos derribos acreditados, todos usando un mismo avión triplaza Messerschmitt Bf 110, siendo ascendido a coronel y galardonado con la Cruz de Hierro de Primera Clase: Al finalizar el año fue promovido a comandante de escuadrón.

En 1944, su cuenta se incrementó a ciento seis derribos y ascendió a mayor coronel, siendo la noche del 24 al 25 de mayo su mejor récord con cinco aviones derribados.

[2]​ Su tripulación, compuesta por el radio-operador de radar, Fritz Rumpelhardt y el observador-ametrallador Wilhelm Gansler, también fue galardonada.

La noche del 21 de febrero fue su pico máximo cuando derribó nueve bombarderos británicos, uno tras otro.

Intentó trabajar como piloto civil, pero optó por administrar la próspera empresa de vinos que había dejado su padre, Alfred Schnaufer, al fallecer en 1940.