Gran parte de su obra más conocida, sin embargo, procede de la música para espectáculos, y obras creadas para la radio (premiadas en varias ocasiones: Prix Italia 1986, 1992, 1996; Karl Sczuka Preis 1984, 1990, 1992; World Silvermedal of the New York Festival; Radio Ostankino Prize Moscow).
Desde los años 1980 trabajó como director de sus propias obras en Fráncfort del Meno (Theater am Turm), Lausana (Théâtre Vidy-Lausanne) y en todo el mundo.
Los intentos de Goebbels para llenar el espacio entre el teatro y la ópera han dado lugar a proyectos como Schwarz auf Weiss (1996) [Negro sobre blanco] o Die Wiederholung (1997) [La repetición].
En 2000 colaboró con el grupo Piano Circus y el compositor Richard Harris para producir Scutigeras, obra que fue estrenada por la radio de la BBC en vivo en el Reino Unido.
[1] Su Eislermaterial le valió otra nominación en la 46.ª edición de los Grammy Awards en el 2004, esta vez en la categoría «Best Small Ensemble Performance» (con o sin director).
Como director artístico de este festival Heiner Goebbels comisarió, produjo y presentó varias obras nuevas de los artistas Robert Wilson, Romeo Castellucci, Michal Rovner, Boris Charmatz, Robert Lepage, Jan Lauwers, Ryoji Ikeda, Douglas Gordon, William Forsythe, Lemi Ponifasio, Mathilde.
Monnier, Saburo Teshigawara, Anne Teresa de Keersmaeker, Rimini Protokoll, Tim Etchells, Gregor Schneider y muchos otros.