MySQL-Front comenzó a ser desarrollado en Delphi por el programador alemán Ansgar Becker, quién por motivos personales dejó el proyecto sin terminar.

Más tarde el desarrollador alemán Nile Hoyer contactó a Ansgar y adquirió los derechos para utilizar el nombre "MySQL-Front" en su propio proyecto, sin embargo tuvo que cancelarlo porque surgió una infracción de derechos de autor con MySQL Labs sobre el uso del nombre "MySQL".

Finalmente, Ansgar y otros colaboradores retomaron el proyecto MySQL-Front renombrándolo HeidiSQL.

Para administrar las bases de datos con HeidiSQL, los usuarios deben iniciar una sesión en un servidor MySQL local o remoto.

A partir de la versión 8.0, HeidiSQL presenta su GUI en aproximadamente 22 idiomas aparte del inglés.