Luego de haber debutado con Centauros Villavicencio en el 2006 con 19 años pasa a jugar por Deportes Quindio.
Cuando todo parecía que fichaba por Millonarios FC y apareciendo una polémica en la cual se dijo que Hanyer había sido vetado por La Equidad para jugar para Millonarios, el 16 de enero de 2012 se confirmó su paso a la MLS.
[1] Jugó al lado de sus compatriotas Diego Chara y José Valencia.
A mediados del 2014 llega al Águilas Doradas club donde fue gran protagonista e incluso capitán.
En el 2015 América de Cali lo quiso fichar, lo cual no se pudo dar debido a la negativa.