Una epidemia asoló la capital entre 1597 y 1598, matando al hijo mayor de Handan, Selim.

Además del luto, Handan también tuvo que enfrentarse al hecho de que ya no era su hijo el príncipe mayor, sino el hijo de su rival, Halime, Mahmud.

Handan habría hecho cualquier cosa para mantener con vida a su único hijo, Ahmed, por lo que se alió con Safiye.

No en vano, también ha habido rumores de que Mahmud y Halime quieren envenenar al sultán.

Handan no pudo acompañar a su hijo, pero ciertamente estaba muy feliz y aliviada porque el futuro de Ahmed iba en la dirección correcta.

Al mismo tiempo, Handan ciertamente estaba agotado por los eventos, quizás también arrepentido por lo que había sucedido.

[4]​ Convenció a Ahmed de nombrar a Yavuz Ali Paşa como gran visir, y mantuvo una estrecha relación con él, especialmente durante los críticos primeros meses del reinado de Ahmed.

Cuando Handan, Ahmed y Derviş se reunieron en los jardines del palacio, hizo que Ahmed le prometiera que no haría nada contrario a las palabras y pensamientos de este último.

[10]​ Sinanpaşaoğlu Mehmed Paşa, quien fue enviado para sofocar la rebelión de Jelali en Anatolia, resultó ineficaz y se condujo tan inapropiadamente como para despertar sospechas de que él mismo se había vuelto rebelde.

Con la intercesión de Handan, fue perdonado por el sultán y regresó a Estambul, retomando sus funciones como visir.

[16]​ Ella fue enterrada junto a su marido en su mausoleo en la mezquita de Santa Sofía en Estambul.

En la serie televisiva de 2015 Muhteşem Yüzyıl Kösem, Handan Sultan es interpretada por la actriz turca Tülin Özen.