En los cenotes del Yucatán, es frecuente que el agua marina penetre en los sistemas fluviales subterráneos, produciendo una haloclina que puede aparecer entre los 10 y los 60 m de profundidad, dependiendo de la distancia a la costa y de la topografía del propio sistema kárstico.
Al analizar la columna de agua del océano se observa que hay fluctuaciones en la salinidad que en general producen una curva salinidad-temperatura con un patrón típico.
En ella, la salinidad en las aguas más superficiales es alta, debido a los procesos de evaporación.
Al aumentar la profundidad, va descendiendo hasta llegar a los 500 o 1000 m, dependiendo de la latitud, donde la salinidad alcanza su valor mínimo, y que es el lugar donde se sitúa la haloclina oceánica.
A partir de ahí, la salinidad aumenta suavemente con la profundidad.