HaeIII es una enzima de restricción de tipo II (EC 3.1.21.4)[1] producida por el microorganismo Haemophilus aegyptius que posee una diana de restricción en el ADN de cadena doble dependiente de una secuencia no metilada, palindrómica y no escalonada, sobre la cual su actividad catalítica hidrolasa genera extremos romos.
La diana de restricción puede representarse según este diagrama: La enzima rompe el ADN en la posición donde se encuentra la secuencia GGCC.
El corte ocurre entre el segundo y el tercer nucleótido (G y C).
HaeIII corta ambas cadenas de ADN en la misma localización.
La desnaturalización caliente ocurre a los 80 °C después de 20 minutos[2]