Luego se embarcó en su Academica peregrinatio, que le condujo por Siena, Bolonia, Venecia y Roma.
En sus cartas relata sus visitas al famoso humanista legal Andrea Alciato, su asistencia a un servicio litúrgico griego-ortodoxa en Venecia, y sobre un experimento con gusanos luminosos en la campiña boloñesa.
Allí actuó como agente para el impresor Christian Wechel, que publicó su primera obra: una edición con traducción latina de Cassius Iatrosophista (1541).
En París Junius parece haberse encontrado con Edmund Bonner, obispo de Londres, con el que visitó Gante.
Dedicó su Lexicon al nuevo rey Eduardo VI de Inglaterra.
Algunos de sus contemporáneos expresaron que Junius era un segundo Erasmo, pero su alcance era mucho más limitado.
Incluso su obra más literaria, sus Emblemas, dan testimonio de su preferencia por las entidades cortas, autónomas por sobre narrativas estructurales y argumentos filosóficos.