Su organización política y social era semejante a la de los demás pueblos del Altiplano Central.El dominio mexica sobre la región inicia a fines del siglo XIV, cuando Acamapichtli logra someter al Señorío de Cuauhnáhuac.En este sentido se hace mención de que por estos años se otorgó un censo perpetuo a Isabel Ruiz y Francisco Bernal, para media caballería de tierra en Guajoyuca (que más tarde sería anexada a Cocoyoc).En primer Iugar, a fines del siglo XVI la Corona prohibió toda exportación de azúcar desde la Nueva España, lo que determinó que toda la producción fuera reorientada hada el mercado interno.Pero lo que más impacto a esta visitante inglesa fueron los naranjales, con cerca de tres mil £árboles, los árboles frutales, los múltiples arroyos y las flores.En su relato exclama emocionada que "nunca había yo contemplado una vista tan hermosa".La Hacienda Cocoyoc siguió creciendo y prosperando hasta que estalló la revolución de 1910, cuando el líder agrario Emiliano Zapata, nativo de Morelos y que estableció su cuartel general en la vecina Cuautla, declaró la guerra a todas las haciendas azucareras."[7][8] Al igual que otras en Morelos haciendas vecinas como Tlayacapan, Tepoztlán o Tlaquiltenango, la de San José Cocoyoc fue edificada imitando a las fortalezas europeas medievales.En la parte de abajo se encontraban la cocina, junto a una pila de agua en el patio, cuartos y espacios dedicados o al comercio, la tienda o espacios de la misma producción (purgar) u oficinas de artesanos, caballerizas o corrales; incluso se integraba ahí la cárcel, calabozo donde encerraban a los trabajadores que según el dueño o su representante habían cometido alguna falta.Claro esta, al igual que en otras tantas haciendas, hoy en día no encontramos rastro de las habitaciones de los indios y esclavos, porque estas se encontraban fabricadas con materiales perecederos.La edificación de esta estaba estrechamente ligada con el estatus social y económico del dueño, pues en aquella época no podía haber un ingenio próspero sin una capilla o iglesia que representara ese apogeo.En la última de estas calderas, llamada tacho, se le daba el punto al melado.Es importante hacer notar que en las haciendas azucareras de la Nueva España, en el siglo XVII se usó preferentemente la molienda de agua con rueda hidráulica, en combinación con la prensa, en tanto que en el siglo XVIII, se hizo común el uso del trapiche con tracción animal.Los primeros ingenios o trapiches emplearon mano de obra indígena que les proporcionaba su propia encomienda.Estos esclavos realizaban una diversidad de trabajos, desempeñándose como trapicheros, prenseros, horneros, caldereros, ceniceros y artesanos.Las mujeres esclavas, por su parte, realizaban trabajos como cocinar, cuidar niños e impartirles el catecismo.La esclavitud en las haciendas no estaba exenta de maltratos y crueldad.Para garantizar la permanencia de los esclavos, estos solían ser marcados como las reses, con hierro candente en el rostro.
