Fue usado como buque insignia en varios enfrentamientos navales, incluyendo la derrota de la Armada Invencible, y su carrera se prolongó durante 50 años.

La primera acción militar en la que intervino fue durante el enfrentamiento contra la Armada Invencible en 1588, como buque insignia de la flota inglesa, capitaneada por Howard.

Tras la derrota de la armada española, el Ark Royal fue destinado al servicio en el mar del Norte.

Permaneció en servicio hasta abril de 1636, cuando bajo el mando de John Pennington, saliendo del río Medway, golpeó los bajos contra su propia ancla, hundiéndose en el río.

Fue reflotado por un coste mayor que su precio original, pero los daños sufridos por la nave eran demasiado grandes como para ser restaurado, y fue desguazado en 1638.