[2]​ Pero su preocupación por erradicar el bandolerismo topó con dificultades presupuestarias y legales, debido a las limitaciones de actuación que le imponían las leyes del principado.

Pignatelli se quejó al rey de la situación de desorden del principado: «La mayor parte de la gente está inclinada a vivir con poca quietud entre ellos, siguiendo bandas que derivan en graves excesos».

También se resentía por la falta de recursos para poder actuar y de las limitaciones de las leyes catalanas respecto a las competencias del virrey para actuar: «no pudiendo aplicar la justicia al no tener ni un solo real para prometerle a un espía o levantar alguna gente para perseguir malhechores».

Hizo ejecutar algunos bandoleros, como Bartolomé Ribes (1603), pero no logró apresar a otros como Perot Rocaguinarda.

Una vez que vio la imposibilidad de acabar con los bandoleros mediante la represión, decidió negociar con ellos el perdón a cambio de servir al rey a los tercios.