Sus padres fueron José Trujillo Valdés y Julia Altagracia Molina Chevalier, esta última de ascendencia franco-haitiana.

[1]​[2]​ Era hermano del dictador de Rafael Leónidas Trujillo Molina.

Durante el mandato de Héctor Trujillo, se celebró la llamada "Feria de la Paz y la Confraternidad del Mundo Libre", con la cual se buscaba dar una buena imagen del país a los demás países del mundo, por los asesinatos ocurridos durante la dictadura de Trujillo.

Para las elecciones de 1957, Rafael Trujillo volvió a rechazar la presidencia, pero en cambio volvió a proponer a su hermano Héctor como presidente, y también se encargó de modificar la constitución, con la cual se crea el cargo de vicepresidente.

Las cosas salieron tal como Trujillo las planeó, Héctor Trujillo ganó nuevamente la presidencia y Joaquín Balaguer, en el 1960, tratando de suavizar las sanciones de la OEA, y a los Estados Unidos, hace renunciar a su hermano "Negro" y el jurista Joaquín Balaguer quedó como presidente títere, aunque en 1961, tras la caída de Trujillo, Balaguer queda como presidente y hombre fuerte encargado de dirigir la República a la democracia y extirpar el "Trujillismo".