Con el elenco fortinero se consagró campeón de los Clausuras 2009 y 2011.

En 2013, regresó a Vélez Sarsfield después de completar una temporada en España.

En su regreso al Fortín obtendría otro título: la Supercopa Argentina 2013 frente a Arsenal de Sarandí, en donde anotaría el único gol del encuentro que le permitiría a su equipo ganar la primera copa nacional de su historia.

A mediados de 2014, Héctor Canteros sorprendió con su transferencia al CR Flamengo del Brasil, incluyendo a jugadores como Milton Casco y Diego González.

En agosto del 2012 fue cedido por una temporada al Villarreal Club de Fútbol.