A instancias del general Agustín Olachea, entonces gobernador y comandante militar del Territorio Norte de Baja California, se trasladó a Tijuana en 1931.

[2]​ La invitación era para que laborara en el campo de la medicina, debido a la notable carencia de servicios médicos públicos en la ciudad fronteriza y por ello fue nombrado director del Hospital Civil y Militar de Tijuana, cargo que tuvo durante varios años.

El exsenador Guilebaldo Silva Cota recordó aquellos tiempos difíciles donde estaban preocupados por la carencia de derechos políticos, debido a que no podían tener sus leyes y escoger a sus gobernantes.

En el ámbito de política regional, Aubanel Vallejo fue un importante elemento del Partido Revolucionario Institucional.

En esa época presidió el Comité Pro Estado de Baja California.