En agosto del mismo año ya habían firmado contrato con Warner Music y la ahora extinta Discos Rockotitlán y graban su primer material "Guillotina" bajo la producción de Jack Endino (quien produjera los primeros álbumes de Nirvana, Soundgarden, Mudhoney entre otros).

Al terminar este disco Jorge Vilchis abandona la banda para integrarse a La Gusana Ciega y su lugar es ocupado por Aram Hernández.

Debido a los malos manejos de la disquera y managers, en 1998 Guillotina decide dar un paso importante en su carrera al grabar de manera independiente su tercer álbum titulado "Mientras el resto sigue" coproducido por el grupo mismo y Jack Endino, bajo el sello Sum Records.

El resultado, un material maduro con letras interesantes e inteligentes, conservando su esencia y ese sonido propio por el cual se les conoce en el circuito.

En este mismo año participaron en el festival "Rock al parque" en Bogotá, Colombia y en la primera edición del festival "Vive Latino" en la Ciudad de México, así como en un álbum tributo a la banda más longeva del rock mexicano: El Tri, grabando la canción "Pobres de los niños".