En 1929 sucede a Emil Feer como profesor de pediatría y director del Kinderspital.
Bajo su dirección, puso a dicho Hospital como uno de los más renombrados del mundo.
En 1927 describe la panmielopatía hereditaria con corta estatura e hiperpigmentación: anemia de Fanconi.
En 1945 funda una nueva revista pediátrica, Helvetica Paediatrica Acta, que se convierte en una publicación internacionalmente renombrada.
El Dr. Fanconi se retira en 1965 pero continuará en la práctica y en conferencias hasta su deceso.