Al igual que en los demás estados ocupados por las autoridades del III Reich, este gueto forma parte de la historia del holocausto sufrido por la población judía de Lituania.
Pocas semanas después, el Gobierno Provisional quedó disuelto, no sin antes levantar el gueto bajo la supervisión del comandante militar de Kaunas: Jurgis Bobelis, quien sancionaría extensas leyes contra la población judía del país a la vez que otorgaba mayor autoridad a las fuerzas del orden.
El gueto estuvo formado en dos secciones: una "pequeña" y la otra "grande", a ambos lados de la calle Peneriai y conectadas por un puente de madera a varios metros sobre la misma.
El Consejo de Ancianos Judío dirigido por Elkhanan Elkes también ayudó a dar trabajo a mujeres, ancianos y niños (los cuales no trabajaban fuera del gueto) con la esperanza de que no fueran ejecutados.
Tres semanas antes de la llegada del Ejército Rojo, los alemanes dinamitaron el gueto, en cuanto a los supervivientes (aproximadamente 2.000) murieron quemados o por disparos en el momento que intentasen escapar.
En 1942 había aproximadamente 2.500 niños sin derecho a la enseñanza, por lo que decidieron construir una escuela clandestina como acto de rebeldía al nazismo.