El Grupo de Ejércitos E (en alemán Heeresgruppe E) fue creado el 1 de enero de 1943 en los territorios ocupados de Yugoslavia y Grecia.

Después de la capitulación de Italia, también pasó bajo su responsabilidad las unidades de Grecia y Albania.

Al atacar el Ejército Rojo en los Balcanes y luego de la capitulación de Rumanía y Bulgaria, sus fuerzas se encontraron amenazadas de ser rodeadas.

En septiembre de 1944 inició el repliegue de Grecia y Albania y ejecutó la defensa de la línea de Skopje, Kraljevo y Sarajevo.

Las tropas del Grupo de Ejércitos E en Croacia y Hungría, los restos del Grupo de Ejércitos E se unieron con el Grupo de Ejércitos F del Mariscal de Campo Maximilian von Weichs.