[2]​ En 1999 se formó el Escuadrón IV, proveniente del Grupo 1 de Transporte Aéreo, con aviones Fokker F27 Friendship.

[6]​[7]​ La unidad comenzó esta década con perspectivas de mejora en sus veteranos Fokker.

La participación en ejercicios conjuntos es constante, realizando despliegues en diversos puntos del país con actividades como lanzamiento de paracaidistas, abastecimiento aéreo y evacuación sanitaria.

La unidad es protagonista en el apoyo a aeronaves de control de vuelos irregulares en el norte argentino mediante el Operativo Fortín, brindando la logística en los relevos.

En 2021/24 el GA-2 recibió 4 (cuatro) aviones livianos Beechcraft TC-12B Huron reemplazando a los IA-50 Guaraní II (baja en 2006).