Ante esto, la cámara decidió iniciar un juicio político contra los miembros del tribunal superior, Alejandro Audibert, Domingo A. Ortiz y Luis Burone, quienes fueron removidos en sus cargos por el Senado.Tras varios días de indefinición, el 23 de mayo de 1889 el Poder Ejecutivo designó, con previo acuerdo del Senado, a Gregorio Benites como nuevo Presidente del Superior Tribunal de Justicia, y como miembros adjuntos, a los señores César Gondra y Gil M. Ramírez, quienes hasta entonces se desempeñaban como Fiscal General del Estado y Fiscal del Crimen, respectivamente.Como Gondra no aceptó la designación, la crisis sólo quedó resuelta el 30 de mayo siguiente, cuando el señor Antonio Codas fue nombrado como miembro adjunto del máximo tribunal.Al dejar el Ministerio de Relaciones Exteriores, Benites volvió a residir en Villarrica y se dedicó a poner en orden sus antiguos apuntes y documentos.Actuó brevemente en ese carácter hasta la conclusión de su mandato, en marzo de 1905, sin poder ser reelecto, por haberse pactado que en las elecciones respectivas sólo se presentarían candidatos del Partido Liberal.Desde el primer momento de su corta y fatal dolencia comprendió que había sonado su última hora y hablaba de ella tranquilamente a las personas que rodeaban su lecho.La banda municipal, en primera fila, ejecutaba marchas fúnebres, alternando con los tambores destemplados.
