La Operación Pavo Real fue un operativo realizado en septiembre del año 2006 en la granja penal, en conjunto con la guardia penitenciaria, policía nacional civil y miembros del ejército de Guatemala, con el supuesto fin de rescatar el orden y control dentro del centro carcelario, pero que según acusaciones posteriores, había sido cooptado por organizaciones criminales internas y externas [cita requerida].
Algunos funcionarios públicos que dirigían las instituciones involucradas fueron acusados por las muertes ocurridas allí, entre ellos: Fue un grupo creado por los reclusos de la Granja Penal Pavón en anuencia con las autoridades penitenciarias para controlar el centro penal, la idea era que los mismos internos tuviesen el control del orden y la disciplina del centro carcelario, su presidente fue Daniel Oswaldo Fuentes Zelada, uno de los reos muertos el día de la operación.
Sin embargo, el grupo se convirtió rápidamente en una organización criminal que operaba dentro del centro penal, donde se escondía a víctimas de secuestro y criminales prófugos [cita requerida].
Durante la revisión del penal se encontró máquinas para falsificar dinero y tarjetas de crédito, drogas, armas y otros objetos prohibidos[cita requerida].
Horas más tarde, se informó que debido a una disputa territorial por la venta de drogas dentro del centro penal, se realizó un ataque armado que cobro la vida del Capitán retirado del ejército de Guatemala Byron Lima, mismo que se encontraba purgando una pena de prisión que le fue impuesta por haber participado en la ejecución extrajudicial de Juan José Gerardi Conedera, obispo de la iglesia católica en Guatemala.