En 1160, el rey Fernando II de León conquistó la aldea, que entonces se llamaba Granada y hasta ese momento había pertenecido a los árabes.

Durante la época señorial, los duques de Alba tuvieron múltiples Regidores del Concejo.

Durante el siglo XVII y el siglo XVIII, entre los más destacados, se encontraban los pertenecientes al linaje Gil de Roda (provenientes de la Villa del Campo).

La protección que les acordó el bachiller Gerónimo Sánchez Zúñiga, cura rector y comisario del Santo Oficio, en 1628 en Hervás, favoreció su enriquecimiento sobre el Concejo de Granada.

Entre las viviendas más destacadas que se conservan sin haber sufrido modificaciones estructurales, están: El antiguo bar y las casas que hoy se han convertido en la llamada "Casa de los Arcos" han sido completamente reconstruidas por la unión de varias casas de menores dimensiones que pertenecieron múltiples familias y tienen una estructura que difiere drásticamente de la original.

Granadilla vio muy pronto el relevo de su párroco y al que había sido su médico titular durante años, Daniel García de la Cruz y Jiménez.

El pueblo no se inundó, pero se vio aislado en una península con una sola vía de difícil acceso por el norte, ya que por entonces todas las carreteras también quedaron inundadas.

Parte de los vecinos se instalaron en Alagón del Río, un pueblo nuevo de colonización cercano a Plasencia, mientras otros emigraron a los nuevos núcleos industriales.

La capitalidad del partido ya se había trasladado a Hervás mucho tiempo antes.

En 1984, Granadilla fue elegida, junto a Búbal y Umbralejo, para su inclusión en el Programa Interministerial de Pueblos Abandonados.

Para ello, la Confederación Hidrográfica del Tajo —la misma que casi treinta años antes había expropiado el pueblo, cedió el uso de Granadilla a dichos ministerios, que podrían realizar en él obras de restauración y conservación de los edificios cedidos, con fines asistenciales, culturales o sociales.

El entorno de Granadilla fue repoblado de pinos y eucaliptos, que le confiere verdor a la zona pero que no constituye un sistema natural alóctono.

En el término de Granadilla abundan los jabalíes, ciervos y conejos.

También pueden observarse multitud de anátidas (ánade real, friso, pato cuchara o cerceta) y otras aves acuáticas como las cigüeñas blancas y, más difícilmente, negras.

En las zonas sin cobertura arbórea pueden verse alondras, calandrias, alcaravanes, aguiluchos cenizos, buitres (leonados, negros y alimoches).

También pueden verse grandes y pequeñas rapaces como el águila real, águila calzada, águila culebrera, milano real y negro, ratonero, etc.[11]​ La gran riqueza paisajística del entorno llevó al director de cine Pedro Almodóvar a rodar allí la parte final de la película ¡Átame!