Anteriormente se desempeñó como Secretario del Ministerio de Defensa y Desarrollo Urbano entre 2005 y 2015, durante la gestión de su hermano mayor Mahinda Rajapaksa, en la cual las Fuerzas Armadas de Sri Lanka derrotaron a los Tigres Tamiles, acabando con la guerra civil de Sri Lanka.

Durante su mandato, las Fuerzas Armadas de Sri Lanka concluyeron con éxito la guerra civil de Sri Lanka derrotando a los Tigres Tamiles y asesinando a su líder Velupillai Prabhakaran en 2009.

Es la primera persona con experiencia militar en ser elegido presidente de Sri Lanka.

[5]​ En 2022 debió enfrentar una severa crisis económica en Sri Lanka, motivadora de marchas de protesta a gran escala y descontento social generalizado hacia el gobierno y la clase política.

Al aumentar los disturbios en la capital, Colombo, los manifestantes tomaron el palacio presidencial el 9 de julio del 2022 exigiendo que Rajapaksa deje el cargo,[6]​ precipitando que Rajapaksa anuncie su decisión de renunciar en breve; el 13 de julio el aun presidente viajó por avión a Maldivas anunciando haber dejado su documento de renuncia al cargo en poder del Parlamento.