Cuando tenía doce años, su abuelo paterno, Juan Pedro de Aliaga y Caballero, murió, por lo que su familia se trasladó a vivir a la Casa de Aliaga, histórica casona del centro de Lima.
Tras el terremoto de Lima de 1974 la propiedad sufrió graves daños, por lo que Aliaga contactó con el arquitecto Emilio Soyer Nash, para poder modernizarla y restaurarla.
Actualmente Gonzalo de Aliaga sigue residiendo en la casona, la cual está abierta al público que quiera visitarla, previa cita.
Contrajo matrimonio con Ana María Arrarte Fiedler.
Son padres de tres hijos:[4]