En 1221, su padre el emperador Tsuchimikado fue exiliado a la provincia de Tosa, pero el Príncipe Imperial Kunihito fue adoptado por su familia materna.

En 1242, ocurre la muerte repentina del emperador Shijō a los diez años, y no tuvo herederos.

Se inició un conflicto entre la Corte Imperial de Kioto y el shogunato Kamakura acerca del sucesor.

La nobleza, liderada por Kujō Michiie, apoyaba al Príncipe Imperial Tadanari, hijo del emperador Juntoku; no obstante, el shikken Hōjō Yasutoki negó el apoyo a los hijos del emperador Juntoku, debido a su complicidad con la Guerra Jōkyū.

Michiie decidió apoyar al hijo del emperador Tsuchimikado, el Príncipe Imperial Kunihito, quien era considerado neutral en el conflicto.