Gnatusuchus probablemente se alimentaba de moluscos bivalvos en ambientes pantanosos y ciénagas pobres en oxígeno, usando sus dientes romos para romper sus duras conchas.
Gnatusuchus solo tenía 11 pares dientes en la mandíbula, bastante menos que en la mayoría de los crocodilianos.
[1] G. pebasensis fue nombrado en 2015 basándose en un cráneo casi completo y varias mandíbulas halladas en la Formación Pebas cerca de Iquitos en Perú.
Un análisis filogenético publicado junto con su descripción científica original sitúa a Gnatusuchus como el miembro más basal del clado Caimaninae.
A continuación se presenta un cladograma de este análisis, resaltando en negrita las especies con dientes para triturar (los taxones marcados con el signo † están extintos):[1] Alligatorinae Albertochampsa † Brachychampsa † Stangerochampsa † Gnatusuchus pebasensis † Globidentosuchus brachyrostris † Eocaiman cavernensis † Kuttanacaiman iquitosensis † Purussaurus spp.