En 1634 fue nombrado profesor de teología y orientalismo en Utrecht, cuya escuela fue elevada al rango de universidad (la Universidad de Utrecht) en 1636, con él como rector; con esa ocasión leyó su discurso Scientia cum pietate conjugenda, en el que abogaba por la interdependencia entre ciencia y religión.
Los argumentos que expuso para la prohibición de tales enseñanzas eran: en primer lugar, que se oponían al escolasticismo o aristotelismo tradicional; en segundo lugar, que el aprendizaje de los conceptos cartesianos impediría a la juventud entender la terminología escolástica; y por último que, llevada a sus últimas consecuencias, era contraria a la ortodoxia teológica.
[1] La facultad de teología reunía a Voetius, que enseñaba dogmática, Meinardus Schotanus, que enseñaba exégesis del Antiguo Testamento, y a Carolus de Maets, que enseñaba exégesis del Nuevo Testamento.
Entre los alumnos más brillantes de Voetius estuvieron Anna Maria van Schurman y Jodocus van Lodenstein.
Entre las doctrinas y autores a los que combatió estuvieron el jansenismo, los remonstrantes, Henricus Regius, René Descartes (al que suponía ateo), Johannes Cocceius y Jean de Labadie.