Después de su graduación, marchó a Lucca, donde, influido por Pedro Mártir Vermigli, decidió estudiar teología.En 1551, sin embargo, también Zanchi se vio forzado a huir y por los mismos motivos.De esta ciudad alsaciana Zanchi no se alejó demasiados años, a pesar de que su presencia fue, más adelante, solicitada en Ginebra y Lausana.Lo acompañó su asistente, el gran filólogo y helenista Friedrich Sylburg.En Heidelberg Zanchi compuso sus principales obras, que tienen carácter esencialmente apologético y polémico.