En su De Planis Triangulis (1592), describió el uso del cuadrante en medición y astronomía.
Como cartógrafo, trabajó en un atlas sobre Italia que fue impreso tras la muerte de Magini por su hijo en 1620.
Intentó incluir el mapa de toda las regiones italianas con todas las nomenclaturas y notas históricas, probablemente fue un proyecto mayor pero otros trabajos le impidieron a Magini terminarlo.
Magnini fue más bien un director del proyecto, ya que ninguno de los mapas fue dibujado directamente por él.
También estuvo muy interesado en la metafísica Tuvo correspondencia con Tycho Brahe, Clavius, Abraham Ortelius, y Johannes Kepler.