Nacido en Venecia, Boni estudió arquitectura en la Academia de Bellas Artes (en Venecia) y más tarde se dedicó a realizar importantes excavaciones en el Foro Romano (en Roma).Más tarde estudió arquitectura en la Accademia di Belle Arti.Estaba interesado en la estratigrafía del Forum, un avance importante en la ciencia de la arqueología romana.En 1907 Boni también trabajó en la ladera de la colina Palatina, donde descubrió el Mundus (cisterna tholos), un complejo de túneles que llevaba a la Casa dei Grifi, la así llamada Aula Isiaca, los así llamados Baños de Tiberio y la base de una choza bajo el peristilo del Domus Flavia.Boni falleció en Roma: está enterrado en los Orti Farnesiani sobre la colina Palatina.
