El episodio contó con apariciones especiales de Wayne Duvall y Rob LaBelle, y Jerry Hardin repitió su papel de Garganta Profunda por primera vez desde la presentación del personaje.
El programa se centra en los agentes especiales del FBI Fox Mulder (David Duchovny) y Dana Scully (Gillian Anderson) que trabajan en casos vinculados a lo paranormal, llamados expedientes X.
Pronto, él y Dana Scully descubren una inteligencia artificial malévola que comenzó a matar para protegerse.
Mulder y Scully interrogan a Wilczek, quien niega estar involucrado en el asesinato.
Mientras tanto, Wilczek no puede acceder al COS desde la computadora de su casa.
Allí, todavía no puede acceder al COS, pero descubre que ha aprendido a hablar.
Mulder se reúne con Garganta Profunda (Jerry Hardin), quien le explica que el COS es una inteligencia artificial desarrollada por Wilczek y que el Departamento de Defensa está tratando de adquirirla.
Mulder también se reúne con Wilczek, quien ha confesado falsamente el asesinato de Lamana.
Mientras tanto, Peterson permite que Mulder ingrese a la sala de control del COS.
Sin embargo, Peterson se revela a sí mismo como un topo del Departamento de Defensa e intenta evitar que Mulder cargue el virus.
Mulder se reúne nuevamente con Garganta Profunda, quien explica que Wilczek está siendo detenido por el gobierno en un lugar no revelado.
[7] Gordon estaba decepcionado con el episodio, afirmando que «todavía califica como una de mis mayores decepciones», clasificándolo como el peor episodio de la primera temporada.
James Wong tenía sentimientos encontrados, diciendo que el episodio «tenía algunas cosas interesantes al final [...] aunque creo que el final fue un poco insatisfactorio para mí visualmente, así como en términos de cómo Mulder llega a desmembrar la máquina.
[10] La trama de «Ghost in the Machine» también fue adaptada como novela para adultos jóvenes en 1997 por Les Martin.