Miembro destacado de la Unión Militar Española (UME), estuvo implicado en varias conspiraciones militares contra la Segunda República.Capturado por las fuerzas republicanas, sería juzgado, condenado a muerte y fusilado.[13] Durante esta etapa se nombró para puestos de responsabilidad a muchos militares derechistas y antirrepublicanos, al tiempo que se destituía y cesaba a otros militares de conocida militancia republicana.Formó parte de la conspiración militar que dio lugar a la guerra civil española.[6] Para sublevar a la guarnición de Madrid, al parecer, habría sido designado el general Villegas.Una vez establecido, leyó un bando militar y proclamó el estado de guerra, sublevando el acuartelamiento.Esperando los sublevados a que llegaran refuerzos para controlar la ciudad,[17] dio comienzo el asalto al cuartel de la Montaña por las fuerzas de seguridad y las milicias republicanas, asalto durante el cual Fanjul fue herido.
Placa de la avenida del General Fanjul, actualmente «avenida de Las Águilas».
