La principal característica del “Raven”, sin embargo, fue el sistema para la guerra electrónica AN/ALQ-99E, desarrollado para el EA-6B Prowler de la marina.
Los receptores fueron instalados en la punta del estabilizador vertical, de forma similar al EA-6B Prowler.
El EF-111 estaba desarmado, aunque algunas fuentes indicaban que los pilones interiores de las alas podían ser instalados para permitir llevar misiles AIM-9 Sidewinder para su defensa.
En 1986 la motorización del EF-111A fue mejorada con el potente motor TF30-P-9 que desarrollaba 12.000 lbs de empuje y 18.500 usando la postcombustión.
En este lance de la guerra el piloto del EF-111A comenzó a volar rozando el suelo intentando evitar ser derribado, esta maniobra le permitió salir indemne y además provocó que el avión iraquí colisionase con el suelo, previo haber sido fijado por un F-15 que acudía en auxilio de los Capitanes James Denton y Brent Brandon.
En un corto plazo, los EA-6B Prowlers ocuparon totalmente la función del “Raven” tanto en la Marina como en la Fuerza Aérea y podemos decir que este será sustituido por el EA-18G Growler.
De las 42 conversiones, 36 fueron enviadas al AMARC o desguazados, tres se perdieron en accidentes y cuatro están actualmente expuestos.