Sobrevivió a la terrible experiencia, y, finalmente, se dirigió a la isla de Goraa, donde trabajó como gerente de un hospital[2][3] y aprendió lenguas africanas.
(Ese naufragio, en el que 147 personas fueron abandonadas a su suerte en una balsa, sin comida ni agua, con episodios muy duros de suicidios y canibalismo en el que murieron todas salvo 15, conmovió a la opinión pública francesa y dio lugar a una obra icónica del romanticismo, La balsa de la Medusa (1819), de Théodore Géricault).
En 1817, Mollien exploró la península de Cabo Verde, remontó el río Senegal y se encontró con los nómadas peuls.
Encargado de misión para la administración francesa, Mollien comienza una nueva estancia en Colombia, de 1822 a 1823, luego en Haití, de 1824 a 1831 como Cónsul, después Cónsul General en Port-au-Prince.
Por último, desde 1831 hasta 1848, se desempeñó como Cónsul General en La Habana (Cuba).