Algunos creen que en el pasado el poblado pudo llamarse «Villaflor de la Vera», aunque no haya datos fundamentados y el nombre actual de «Gargüera» se determinó a partir del siglo XIV.

Algunas son las crónicas populares sobre los comienzos del nombre de Gargüera, siendo la más popular la que nos relata una batalla que tuvo lugar en estos entornos con los ejércitos andalusíes de Almanzor, los cuales cortaron el cuello o "gargüero" a los cristianos en dicha batalla, y al incorporarse a la Mancomunidad de la Vera en 1996 pasa a llamarse «Gargüera de la Vera».

La localidad da nombre a la garganta que pasa por ella, la cual nace en la sierra del Piornal, baña por la izquierda al Barrado y por la derecha a Gargüera y desagua en el río Tietar junto a la Bazagona y dispone de dos pequeños pantanos: el de Gargüera y el de las Navas.

Confina su término por el norte con el de El Barrado: por el este con Casas del Castañar; por el sur con Arreoyomolinos de la Vera y por el oeste con Plasencia.

A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional en la región de Extremadura, desde 1834 quedó integrado en el Partido Judicial de Plasencia.