Al ser ilegalizado, el MIR asumió a la lucha armada contra los gobiernos de Rómulo Betancourt y Raúl Leoni.

Puerta Aponte perteneció al Frente Guerrillero Manuel Ponte Rodríguez, que operó en las montañas del oriente venezolano desde 1964 hasta 1966.

Debido a sus actividades subversivas (secuestro de varios empresarios como Enrique Dao y Carlos Domínguez, así como el intento de secuestro del integrante de AD Gonzalo Barrios), Puerta Aponte fue arrestado en 1973 por la policía e inteligencia DISIP y confinado en el Cuartel San Carlos.

Puerta Aponte se involucró en la asonada a través del contacto hecho con Ronald Blanco La Cruz y Antonio Rojas Suárez.

En 1993, Puerta Aponte se postuló como candidato en las elecciones presidenciales de ese año por el Movimiento por la Democracia Popular (MDP), ya que Bandera Roja estaba ilegalizado.