Regresó a su pueblo natal, en donde permaneció hasta 1866, año en que fue confinado en Puebla por el gobierno de Maximiliano de Habsburgo, debido a su pensamiento liberal.Con la derrota imperialista y la reinstalación de la república, fue diputado federal en la IV Legislatura del Congreso de la Unión y senador en la XI y XII Legislaturas del Congreso de la Unión.Además, representó a México en la Centennial Exposition.En su honor, dos calles en Ciudad de México, ambas en la colonia Del Valle, llevan su nombre.La que fuera su residencia, desde hace varios años alberga un restaurante bar (Bar Mancera), oficinas de un sindicato y un museo taurino abandonado convertido en cantina (La Faena).
Casa de Gabriel Mancera en la calle Donceles 94, Centro Histórico de la Ciudad de México.
