[5]​ GNOME Shell ha recibido controversia por parte de la comunidad del software libre debido a que la integración con Mutter que se ha planeado significaría que los usuarios de GNOME Shell no podrían optar por un gestor de ventanas alternativo sin dañar su escritorio.

De manera particular, los usuarios no podrían utilizar Compiz mientras GNOME Shell se esté ejecutando.

[10]​ Es conocido desde el inicio del desarrollo que las tarjetas gráficas SiS son incapaces de correr el shell junto con otra buena gama de tarjetas de bajo coste, el equipo de desarrollo ha recibido múltiples correos referidos a estos incidentes y en la mayoría ha terminado diciendo: «compre otra tarjeta de video compatible o contacte con la compañía para pedirles que desarrollen un controlador compatible».

Desde la empresa SiS han declarado que no lanzará ninguna clase de controlador para GNU/Linux y pide a los usuarios que migren a Windows si quieren visualizar efectos 3D correctamente.

[cita requerida] El equipo de Gnome en respuesta a las numerosas peticiones, generó el modo Fallback (Classic) para todo aquel hardware incompatible o incapaz de correr el Shell, este es semejante a Gnome 2 incluyendo sus opciones de configuración (en modo Fallback es necesario presionar la tecla ALT y luego pulsar con el botón derecho para acceder a las opciones de configuración de los paneles), sin embargo también se ha dicho que este modo es solo transicional y que será luego eliminado, pero no se ha mencionado que se hará tras esta transición con el hardware incompatible.