El proyecto fue impulsado inicialmente por Richard Stallman en 1999 e iniciado oficialmente en enero del 2001.
Inmediatamente posterior a su creación, GNUPedia fue confrontada con Nupedia, liderada por Jimmy Wales y Larry Sanger, porque, controvertidamente, se abocaban a producir una enciclopedia libre.
Además, Wales ya poseía el nombre de dominio gnupedia.org.
El proyecto de GNUPedia continuó existiendo, y solucionó la controversia con su nombre cambiándolo a GNE (una abreviatura para "GNE no es una enciclopedia", acrónimo recursivo similar al del proyecto GNU) y redefiniendo el proyecto como una "biblioteca de opiniones" o una "base de conocimiento".
Los únicos artículos que se conocen de GNUPedia, fueron enviados a la lista de correo del proyecto durante los primeros días y semanas, aunque nunca fueron aprobados formalmente.