FAA fue creado en 1944, dentro de la Confederación General del Trabajo (CGT).
Su primer presidente fue Fernando Bello y el vicepresidente fue Adolfo Pedernera.
En 1948 declaró una prolongada huelga en la que obtuvo el reconocimiento de salarios mínimos para los jugadores de primera y segunda división.
En 1973 obtuvo el Estatuto del Futbolista (Ley 20.160) y el primer convenio colectivo, que lleva el N.º 141/73.
Cuenta con una obra social, Obra Social del Futbolista, gestiona el Instituto de Medicina del Deporte y Rehabilitación (I.M.D.Y.R.)