La Guardia Nacional, está bajo el control del Ministerio de Defensa.
El Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas es Sadyr Zhaparov; el Jefe del Estado Mayor General es el mayor general Rayimberdi Duishenbiev.
Hasta 1988, estas tropas formaban parte del Distrito Militar de Asia Central.
En 1998, se crearon las 1° Brigadas de Infantería Koy Tash, 2° Osh y 3.
A pesar de este acuerdo, muchos ex oficiales militares y de seguridad como Taalaibek Omuraliev y Adyl Kurbanov estaban a favor de devolver el ejército a su antigua organización.