Sin embargo el MIU fue en gran parte desarticulado cuando luchaba en 2001 junto a los talibanes en Afganistán contra las fuerzas de la coalición encabezada por Estados Unidos.

Namangani fue asesinado, y los combatientes que quedaban en el Movimiento Islámico de Uzbekistán se dispersaron.

Un de estos soldados enviados a combatir en Afganistán fue el paracaidista uzbeko, Jumaboi Khojayev (n. 1969).

[3]​ Yuldashev y Namagani evitaron su arresto huyendo a Tayikistán, donde la guerra civil estaba en su apogeo tras un sangriento pero exitoso golpe de Estado liderado por Emomali Rahmonov a principios de 1992.

[3]​ Mientras tanto, Yuldashev se fue de Tayikistán en una gira por Afganistán, Turquía y el Medio Oriente, durante los cuales desarrolló contactos con numerosos grupos islamistas.

[6]​ El MIU estableció sus oficinas y campos de entrenamiento, y comenzó a expandir su reclutamiento entre los uzbekos descontentos - con actividades financiadas cada vez más a través de su participación en el lucrativo comercio del opio afgano.

[7]​ En respuesta, los Estados Unidos clasificaron al MIU como una organización terrorista extranjera.

En primavera el Movimiento islámico de Uzbekistán volvió a proporcionar a los talibanes 600 combatientes para una nueva campaña contra Massoud, mientras que en Batken, Kirguistán, varios grupos durmientes armados el año anterior realizaron una serie de ataques.

Pero tras los atentados del 11 de septiembre y la intervención de la coalición internacional liderada por Estados Unidos en Afganistán, el MIU fue desarticulado en gran parte cuando luchaba junto a los talibanes,[10]​ y el mismo Namangani cayó muerto.

[11]​ El grupo Juró lealtad al estado islámico, ahora forma parte del kalifato.

Aunque originalmente era un movimiento formado étnicamente por uzbecos el gobierno australiano incluye en sus filas además a miembros kirguises, Tayikos, Uigures y turcomanos.

[12]​ Según la revista Eurasia Critic el MIU está involucrado en actividades delictivas como el control y apoyo del tráfico de drogas.

"[17]​ Además, el Gobierno de Rusia prohibió el movimiento bajo el nombre "Partido Islámico del Turkestán" en 2006.

Juraqulov también dijo que el MIT no es una amenaza para la seguridad de primer orden para Tayikistán o Kirguistán.

"Todos saben que [el MIU] está en Uzbekistán y quiere crear problemas.

Los atentados de 2004 en Taskent atribuidos a un grupo autodenominado Yihad Islámica podrían haber sido también perpetrados por agentes del MIU.

[21]​ [22]​ El hombre también afirmó que el militante uzbezo Abdur Rehman había sucedido a Yuldashev en la jefatura del MIU.