Sin embargo, desde el siglo XVI ya se tenía conciencia de lo mal protegida que estaba la plaza pese a su incomparable situación.
Los españoles apenas contaban con un pequeño número de defensores voluntarios y unas ridículas estructuras militares en San Martín.
Paradójicamente, fueron los propios franceses del ejército de Napoleón los que construyeron por el norte los fuertes llamados Imperial (o de Napoleón) y fuerte del Mazo.
A principios del siglo XIX Santoña se vio invadida por el ejército de Napoleón.
Los franceses ocuparon las fortificaciones ya existentes y construyeron alrededor del casco urbano una línea de trincheras con aspilleras.
Así se lo comunicó a Napoleón, que al momento dio el visto bueno para la ejecución de las obras necesarias para defensa, sin reparar en gastos.
Los tres principales fuertes de Santoña han sido reconstruidos y recuperados para diversas actividades.
Está situado en la falda del monte y suponía la primera barrera para la entrada a la bahía.
En el nivel superior se conservan todavía algunos edificios rectangulares utilizados para vivienda, uno de ellos probablemente era un polvorín.
Unas estaban en manos de particulares y otras adaptadas a viviendas para gente necesitada.
La batería del Águila, en el norte, había sido adquirida en octubre de 1964 por Luis Rebolledo López.
A su vez esta Escuela intervino en la restauración del fuerte de Mazo, cuyas obras terminaron en el año 2000.