El otro tramo discurre a lo largo del estrecho de Gibraltar y separa ambos países siguiendo la zona central del océano Atlántico y del mar Mediterráneo (en algunos tramos la frontera se adentra en la costa africana para englobar las plazas de soberanía española.

Las líneas de ferry más importantes son Algeciras-Tánger Med, y Tarifa-Tánger.

También destaca el ferry Las Palmas de Gran Canaria-El Aaiún.

Además, el ferry doméstico Cádiz-Las Palmas de Gran Canaria cruza la frontera hispanomarroquí por dos veces, pero como el barco no hace escala en ningún puerto marroquí y enlaza dos ciudades españolas no se realizan controles fronterizos.

Los controles fronterizos solo se realizan en vuelos internacionales, antes de despegar y al arribar a los aeropuertos de origen y destino.