Su primer trabajo fue sobre el orden Neuroptera, y su primera publicación entomológica, en 1850, fue una revisión del genus Chrysopa.
Esto fue seguido, durante los próximos años, por numerosos artículos sobre la biología del orden, que estableció su reputación como una de las principales autoridades europeas en Neuroptera.
Investigaciones posteriores sobre las metamorfosis de todo el orden, dieron como resultado la publicación del "Sistema de Diptera" basado en los recientes avances en anatomía y embriología, que apareció en 1883.
Brauer, trabajó luego en Tachinidae y en otros parásitos Diptera, que publicó en un tratado, en colaboración con Herr.
Brauer identificó moscas Phorid recogidas por el doctor médico alemán Hermann Reinhard, asociado con cuerpos exhumados de Saxonia, contribuyendo así a un trabajo temprano clásico de entomología forense Beiträge zur Gräberfauna.