Tras su retiro, ejerce de director deportivo del Eintracht Fráncfort.
Compartiendo delantera en el Stuttgart con el brasileño Giovane Élber y el búlgaro Krassimir Balakov, fueron llamados "El Triángulo Mágico".
Tras cuatro años con el Stuttgart, en 1999 Bobic ficha por el Borussia Dortmund, siendo el máximo goleador del club en las temporadas 1999-00 y 2000-01.
Sin minutos ni sitio en el Dortmund, Bobic fichó por el Hannover 96, recién ascendido por entonces a la Bundesliga, donde mostró su mejor versión anotando 14 goles en 27 partidos y siendo uno de los máximos goleadores del campeonato, además de contribuir a la permanencia del equipo.
En 2003 ficharía por el Hertha BSC donde jugaría las temporadas 2003-04 y 2004-05, anotando 8 goles en 54 partidos.