En 1915 empezó a participar en ceremonias con el cactus peyote (Lophophora williamsii) con los omaha y cheyenes y años más tarde escribió un artículo en el Saints Herald titulado A trip among the Indians of Oklahoma promoviendo su uso, no obstante la prohibición del alcohol entre los miembros de la Iglesia.

Cuando la salud de su padre declinó, Fred M. asumió responsabilidades más y más grandes en la administración de la iglesia y sus instituciones auxiliares.

Él estuvo involucrado en una controversia sobre el Supremo Control Direccional de la Iglesia que llevó a una pérdida significativa de membresía.

Aun así, la Conferencia General a la cual entregó su dimisión, rechazó aceptarla.

La Biblioteca Frederick Madison Smith es una de las dos bibliotecas que pertenecen a Graceland University, y está localizado en su campus de Lamoni.