Estuvo en Chuquisaca cuando arribó allí el virrey Francisco de Toledo y se opuso a la expedición que éste dirigió contra los chiriguanas.

Según el padre Rubén Vargas Ugarte, en Quito estudió Lizárraga la gramática y recibió también la tonsura, habiendo pasado en 1560 a Lima, en cuyo convento del Rosario tomó el hábito; fue entonces cuando dejó de llamarse Baltasar Ovando.

Pero fue destinado a la sede episcopal de Asunción del Paraguay en 1607, que ocupó hasta su muerte.

Su obra principal es una Descripción breve de toda la tierra del Perú, Tucumán, Río de la Plata y Chile, también conocida como Descripción y población de las Indias, obra que dejó inédita, pues si bien intentó publicarla, no lo logró, pues la persona a la que había confiado que lo hiciera imprimir en Madrid se apoderó del dinero destinado para tal fin.

[2]​ Es una obra que contiene datos y observaciones de gran interés histórico, escrita con un estilo ameno.