Tomó parte en la negociación de 1890 para el acuerdo en Bohemia, pero las elecciones de 1891, en la que los Jóvenes Checos, quienes se oponían al partido feudal, obtuvieron una victoria decisiva, hizo su posición muy difícil.
Aunque tuvo éxito en dar por concluidas las negociaciones con Hungría, el apoyo que dio a checos y eslovenos aumentó la oposición de los alemanes hasta tal punto que el gobierno parlamentario se hizo imposible, y a finales de 1899 fue obligado a dimitir.
Su simpatía hacia el pueblo checo fue responsable de una disputa diplomática menor entre Austria-Hungría y el Imperio alemán cuando el gobierno prusiano deportó algunos de sus inmigrantes trabajadores checos y polacos en 1899.
[1] Franz se casó en primeras nupcias en Praga con la Princesa Ana María Gabriela zu Schwarzenberg (1854-1898) en 1874.
Contrajo matrimonio por segunda vez en 1901 con su prima distante, la Condesa Ernestina Gabriela von Thun und Hohenstein (1858-1948), viuda del Conde Eugen Wratislaw de Mitrovic (1855-1897).